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精工致善丨KEGG之代謝通路分析
1.什么是KEGG？
KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因組百科全書，是系統(tǒng)分析基因功能，聯(lián)系基因組信息和功能信息的知識庫。KEGG是一個綜合數(shù)據(jù)庫，它們大致分為系統(tǒng)信息、基因組信息、化學(xué)信息和健康信息四大類。KEGG PATHWAY是最核心的數(shù)據(jù)庫之一。
2.代謝通路圖的解讀與查詢
2.1解讀代謝通路圖
一般，KEGG中存在兩種代謝圖：
①reference pathway，根據(jù)已有的知識繪制的、概括的、詳盡的具有一般參考意義的代謝圖，為白色小框，在KEGG中名字以map開頭，比如map00061脂肪酸生物合成通路圖。
一般代表酶，方框里的代表EC編號，代表化合物，把鼠標(biāo)放上去，會出現(xiàn)如C00024Acetyl-CoA，C代表compound，00024是這種化合物在KEGG中的編號。
②species-specific pathway，綠色小框為該物種特有的基因或酶，只有這些綠色的框有更詳細(xì)的信息。KEGG中名字為特定物種種屬英文縮寫，比如酵母的糖酵解通路圖，sce00010。
2.2查詢代謝通路
輸入想要查找的通路，例如map00061或查詢某一化合物的相關(guān)通路，例如Hexadecanoic acid棕櫚酸的相關(guān)通路，點(diǎn)擊GO。
顯示棕櫚酸相關(guān)的所有代謝通路圖，點(diǎn)擊通路圖編碼或右側(cè)圖即可查看該通路圖詳細(xì)信息。
由上圖可看出棕櫚酸下游代謝產(chǎn)物有棕櫚酰輔酶a、β-酮硬脂酰輔酶a、左棕櫚酰肉堿等。
也可通過KEGG COMPOUND模塊查找化合物詳細(xì)信息，其中包括相關(guān)通路。
在搜索框中輸入化合物名稱，例如Hexadecanoic acid棕櫚酸，點(diǎn)擊GO即可顯示搜索結(jié)果。
選擇正確的化合物編碼并點(diǎn)擊進(jìn)去，即可顯示該化合物的詳細(xì)信息。
3.繪圖平臺
登入鏈接：https://www.kegg.jp/
KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因組百科全書，是系統(tǒng)分析基因功能、基因組信息數(shù)據(jù)庫，KEGG也能提供整合的代謝途徑查詢功能，包括碳水化合物、核苷、氨基酸等的代謝及有機(jī)物的生物降解，不僅提供了所有可能的代謝途徑，而且對催化各步反應(yīng)的酶進(jìn)行了全面的注釋，包括氨基酸序列、PDB庫的鏈接等等。
