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精工致善丨火山圖繪制
什么是火山圖？
火山圖是散點(diǎn)圖的一種，它將統(tǒng)計(jì)測(cè)試中的統(tǒng)計(jì)顯著性量度（如p-value）和變化幅度相結(jié)合，從而能夠幫助快速直觀地識(shí)別那些變化幅度較大且具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的數(shù)據(jù)點(diǎn)（代謝物等）。是一種單變量統(tǒng)計(jì)分析方法，常應(yīng)用于研究基因組、轉(zhuǎn)錄組、代謝組、蛋白質(zhì)組等數(shù)據(jù)分析。
如何繪制火山圖？
操作流程
1.進(jìn)入在線分析軟件
2.上傳數(shù)據(jù)
2.1.準(zhǔn)備數(shù)據(jù)文件
1）需要有樣本名和樣本分組信息，文件格式需為制表符分割的TXT文件或逗號(hào)分割的CSV文件。
2）靶標(biāo)中不能有希臘字母α、β等，用alpha、beta等替換。
示例1：
2.2文件上傳
1）數(shù)據(jù)類型選擇濃度；
2）數(shù)據(jù)格式選擇樣品在每一列（未配對(duì)），可根據(jù)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)實(shí)際情況選擇樣品在每一行或是每一列、配對(duì)或未配對(duì)實(shí)驗(yàn)；
3）選擇整理好的文件上傳，提交即可。
2.3檢查數(shù)據(jù)格式
檢查數(shù)據(jù)格式，是否有非數(shù)值數(shù)據(jù)、缺失值或其它特殊字符和標(biāo)點(diǎn)符號(hào)。
注意：軟件會(huì)默認(rèn)將缺失值及零值替換為其對(duì)應(yīng)變量的最小正值的1/5。
2.4數(shù)據(jù)處理
3.數(shù)據(jù)分析
3.1選擇分析項(xiàng)目
3.2參數(shù)設(shè)置
1）填寫FC閾值，一般為2。P-value閾值一般為0.05。也可根據(jù)自己實(shí)際情況調(diào)整。
2）點(diǎn)擊提交即可
4.圖形解讀
4.1火山圖
圖中每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)檢測(cè)到的靶標(biāo)。橫軸是Log2(fold change)，點(diǎn)越偏離中心，表示差異倍數(shù)越大。縱軸是-Log 10 ( P-value)，點(diǎn)越靠圖的頂部表示差異越顯著。點(diǎn)的顏色標(biāo)記其對(duì)應(yīng)的靶標(biāo)是上調(diào), 下調(diào)還是無(wú)差異。P值<0.05且FC>2的表現(xiàn)為紅色點(diǎn)，說(shuō)明該靶標(biāo)上調(diào)，P值< 0.05且FC < 2的表現(xiàn)為藍(lán)色點(diǎn)，說(shuō)明該靶標(biāo)下調(diào)。
4.2箱形圖
點(diǎn)擊火山圖中的點(diǎn)即可顯示原始濃度數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)歸一化處理后的箱形圖，可幫助快速識(shí)別異常值。
5.繪圖平臺(tái)
登入鏈接：https://www.metaboanalyst.ca/
MetaboAnalyst是一個(gè)代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析的綜合平臺(tái)。當(dāng)前的MetaboAnalyst (V5.0)支持原始MS光譜處理、綜合數(shù)據(jù)歸一化、統(tǒng)計(jì)分析、功能分析、薈萃分析以及與其他組學(xué)數(shù)據(jù)的綜合分析。
